病原體(pathogen)簡稱病原，在生物學中，從最古老和最廣泛的意義上說，就是任何可以產生疾病的事物。病原體也可以稱為傳染原、感染原（infectious agent）或致病原，泛指對可以引致疾病的生物及非生物的一個統稱。通常，病原體一詞用於描述「傳染性」的微生物或媒介，例如：病毒、細菌（病原菌）、真菌、原生動物、線蟲、寄生蟲、類病毒及朊毒體。非生物類別的致病因子，並不稱為病原體（例如：重金屬、各種化學毒素、霾害、汙染等等）。病原體可以通過幾種途徑侵入宿主，主要途徑具有不同的事件發生時間框架，但土壤具有最長或最持久的潛在病原體潛藏能力。病原體的傳播透過許多不同的途徑發生，包括空氣傳播、直接或間接接觸、性接觸、通過血液及母乳或其他體液，及通過糞口路徑。
微小動物，例如某些種類的蠕蟲和昆蟲幼蟲，也會產生疾病，然而，我們通常將這些動物稱為寄生物而非病原體。微觀生物的科學研究中，包括微觀致病生物在內的疾病被稱為微生物學，而可能包括這些病原體的疾病的研究被稱為病理學。寄生蟲學同時是對寄生蟲及其寄主生物的科學研究。病原體的種類包括下列:
1. 朊毒體
朊毒體是錯誤折疊的蛋白質，可以將其錯誤折疊的狀態轉移到其他相同類型的正常折疊的蛋白質上。它們不含任何DNA或RNA，並且除了將已經存在的正常蛋白質轉化為錯誤折疊狀態外，無法複製。這些異常折疊的蛋白質在某些疾病中具有典型特徵，例如羊搔癢症、牛腦海綿狀病變（瘋牛症）和克雅二氏病。
2. 病毒性
病毒是微小顆粒的，通常長度在20至300納米之間[8]，包含著病毒的RNA或DNA。病毒需要宿主的細胞才能複製。由病毒病原體引起的某些疾病包括天花、流行性感冒、流行性腮腺炎、麻疹、水痘、伊波拉出血熱、人類免疫缺乏病毒和風疹、嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒(SARS-CoV)、中東呼吸綜合症冠狀病毒(MERS-CoV)、2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)等。
致病病毒主要來自以下家族：冠狀病毒、腺病毒、微小核糖核酸病毒科、皰疹病毒科、肝病毒科、黃病毒科、逆轉錄病毒、正黏液病毒科、副黏液病毒科、乳頭多瘤空泡病毒、多瘤病毒科、炮彈病毒科和披膜病毒科。愛滋病毒（HIV）是逆轉錄病毒科的重要成員，該病在2018年影響著全球中的3,790萬人。
3. 細菌性
絕大多數細菌的長度在0.15至700μM之間[10]，對人類有益或無害。然而，相對數量較少的致病菌會引起傳染病。致病細菌可以通過多種方式引起疾病。它們可以對宿主的細胞作直接影響，產生內毒素（endotoxins）來破壞宿主的細胞，或引起足夠強的免疫反應導致宿主的細胞被破壞。
細菌性疾病之一的肺結核是疾病負擔最大的一種，它由結核分枝桿菌（Mycobacterium tuberculosis）引起，在2013年造成150萬人死亡，主要在撒哈拉以南的非洲地區。致病細菌導致其他全球性重大疾病，例如由鏈球菌屬及假單胞菌屬細菌引起的肺炎，而引致食物中毒的細菌例如志賀氏菌屬、彎曲菌屬及沙門氏菌屬。致病細菌還引起感染，如破傷風、傷寒、白喉、梅毒和痲瘋。
4. 真菌類
真菌是可以充當病原體的真核生物。現存約有300種已知對人類有致病性的真菌[12]，包括最常見導致鵝口瘡的白色念珠菌，以及可能導致嚴重腦膜炎的新型隱球菌。典型的真菌孢子大小為<4.7μm，但有些孢子可能會更大。
5. 藻類
藻類是單細胞植物，儘管確實存在致病性變種，但通常沒有致病性。原藻病（Protothecosis）是一種在犬隻、貓隻、牛和人類體內發現的疾病，那是由一種缺乏葉綠素的綠藻（稱為原生藻）引起的。
6. 其他寄生蟲
一些真核生物，包括許多原生動物和蠕蟲，都是人類的寄生蟲。
他們的治療方法:
1. 朊病毒
儘管進行了許多嘗試，但沒有療法能夠顯示可阻止朊病毒進展的療法。
2. 病毒
對於某些病毒的病原體而言，存在著多種預防和治療選擇。疫苗是針對多種病毒病原體的一種常見且有效的預防措施。疫苗可激發宿主的免疫系統的反應，因此當潛在宿主在野外遇到病毒時，其免疫系統可以快速作出感染的防禦。存在著針對病毒的疫苗包括有麻疹、流行性腮腺炎、風疹病毒和流感病毒。HIV、登革熱病毒及基孔肯雅熱等某些病毒目前沒有可用的疫苗。
病毒感染的治療通常涉及治療感染症狀，而非提供任何會影響病毒病原體本身的藥物。治療病毒感染的症狀是讓宿主免疫系統有時間開發針對該病毒病原體的抗體，從而將感染清除。在某些情況下必須對該病毒進行治療，其中一個例子就是愛滋病毒，需要使用抗反轉錄病毒藥物，也就是稱為ART或HAART，以防止免疫細胞丟失和進一步發展成為愛滋病。
3. 細菌
跟病毒的病原體相似，某些細菌病原體的感染可以通過疫苗來預防[28]。預防細菌性病原體的疫苗包括炭疽疫苗和肺炎鏈球菌疫苗。許多其他細菌性病原體缺乏疫苗作為預防措施，但是這些細菌的感染通常可以用抗生素來治療或預防。許多其他細菌性病原體缺乏疫苗作為預防措施，但是這些細菌的感染通常可以利用抗生素治療或預防。常見的抗生素包括阿莫西林、環丙沙星／地塞米松和去氧羥四環素。每種抗生素都具有效的抗菌作用，並且具有不同的殺滅細菌的機制。例如，強力黴素抑制革蘭氏陰性和革蘭氏陽性細菌中新蛋白的合成，從而導致受影響細菌的死亡。
由於在不需要抗生素的情況下處方過多，一些細菌性病原體已發展出對抗生素的抗藥性，並且正變得難以用傳統抗生素來治療。一種稱為MRSA的金黃色葡萄球菌是細菌性病原體的一個例子，難以利用普通抗生素治療。疾病控制中心（CDC）在2013年發布的一份報告中估計，在美國每年至少有200萬人受到抗藥性細菌感染，並且至少有23,000人死於這些感染。
4. 真菌
真菌病原體的感染可用抗真菌藥物治療。真菌感染例如是足癬、股癬和皮癬菌病都是皮膚感染，可以外用抗真菌的藥物克催瑪汝來治療。其他常見的真菌感染包括酵母菌株白色念珠菌的感染。念珠菌可引起口腔或咽喉感染，通常稱為鵝口瘡，或會導致念珠菌性外陰陰道炎。這些內部感染可以用抗真菌藥膏或口服藥物治療。常見用於內部感染的抗真菌藥，包括棘白菌素系列藥物及氟康唑。
5. 藻類
藻類通常都不被認為是病原體，但原蟲屬已知會導致人類患病。目前正在研究針對這種感染的治療方法，在臨床治療中尚未一致的治療方法。
病原體在動物的性接觸中傳染
許多病原體都能透過性接觸來傳播的。在病原細菌中，通過自然遺傳轉化的過程，同一物種的細胞之間的轉化可透過性接觸來發生作用。轉化涉及從捐贈者細胞的DNA轉移到受贈者細胞，然後透過遺傳重組將捐贈者細胞的DNA整合到受贈者的基因組裡。能夠自然轉化的細菌病原體的例子有：幽門螺桿菌、流感嗜血桿菌、退伍軍人菌、淋球菌及肺炎鏈球菌。
真核病原體能夠經常透過涉及減數分裂和配子生殖的過程進行性相互作用。減數分裂涉及以及它們之間的重組，以及它們之間的重組。具有性能力的真核病原體的例子包括：原生動物寄生蟲原蟲傳染、惡性瘧原蟲、弓漿蟲、布氏錐蟲、蘭氏賈第鞭毛蟲，和真菌煙麴黴、白色念珠菌及新型隱球菌。
當兩個或多個病毒基因組進入同一宿主細胞時，病毒也可能發生性接觸進行相互作用。該過程涉及同源基因組的配對和重組，它們之間的這種過程稱為「多重激活（multiplicity reactivation）」。經歷此過程的病毒包括單純皰疹病毒、人類免疫缺乏病毒及牛痘病毒。
細菌中的性過程，微生物真核生物和病毒都涉及同源基因組之間的重組，通過它們各自目標宿主的防禦而對病原體的基因組造成了傷害，這似乎促進了基因組損傷的修復。
